કેન્દ્ર સરકારે સુપ્રીમ કોર્ટને એ વાતથી અવગત કરી છે કે, રાજ્ય સરકારો પણ પોતાના રાજ્યની સીમામાં હિંદુ સહિતના ધાર્મિક અને ભાષાકીય સમુદાયોને અલ્પસંખ્યક ઘોષિત કરી શકે છે. વકીલ અશ્ર્વિનીકુમાર ઉપાધ્યાય દ્વારા દાખલ કરવામાં આવેલી અરજીના જવાબમાં કેન્દ્ર સરકારે આ દલીલ કરી હતી જેમાં તેમણે અલ્પસંખ્યક શૈક્ષણિક સંસ્થાનો માટે રાષ્ટ્રીય આયોગ અધિનિયમ 2004ની કલમ-2 (એફ)ની વૈદ્યતાને પડકારી છે.
ઉપાધ્યાયે પોતાની અરજીમાં કલમ-2 (એફ)ની વૈદ્યતાને પડકારતા કહ્યું છે કે, તે કેન્દ્રને અખૂટ શક્તિ આપે છે જે સ્પષ્ટપણે મનમાનીપૂર્વકનું, અતાર્કિક અને નુકસાનકારક છે. અરજીકર્તાએ દેશના વિભિન્ન રાજ્યોમાં અલ્પસંખ્યકોની ઓળખ માટે દિશા-નિર્દેશ નિર્ધારિત કરવા નિર્દેશ આપવાની માગણી કરી છે. તેમની દલીલ છે કે, દેશના ઓછામાં ઓછા 10 રાજ્યોમાં હિંદુ પણ અલ્પસંખ્યક છે પરંતુ તેમને અલ્પસંખ્યકો માટેની યોજનાનો લાભ નથી મળી શકતો.
અલ્પસંખ્યક મામલાઓના મંત્રાલયે પોતાના જવાબમાં કહ્યું કે, હિંદુ, યહૂદી, બહાઈ ધર્મના અનુયાયીઓ ઉક્ત રાજ્યોમાં પોતાની પસંદગીના શૈક્ષણિક સંસ્થાનોની સ્થાપના કરી શકે છે અને તેમને ચલાવી શકે છે. તથા રાજ્યની અંદર તેમની અલ્પસંખ્યક તરીકેની ઓળખ સંબંધીત મુદ્દે રાજ્ય સ્તરે વિચાર કરી શકાય.
કાયદા પ્રમાણે રાજ્ય સરકાર પણ રાજ્યની સીમામાં ધાર્મિક અને ભાષાકીય સમુદાયોને અલ્પસંખ્યક સમુદાય ઘોષિત કરી શકે છે. ઉદાહરણ તરીકે મહારાષ્ટ્ર સરકારે પોતાના રાજ્યની સીમામાં યહૂદીઓને અલ્પસંખ્યક ઘોષિત કર્યા છે જ્યારે કર્ણાટક સરકારે ઉર્દુ, તેલુગુ, તમિલ, મલયાલમ, મરાઠી, તુલુ, લમણી, હિંદી, કોંકણી અને ગુજરાતી ભાષાઓને અલ્પસંખ્યક ભાષા તરીકે સૂચિત કર્યા છે.
મંત્રાલયના કહેવા પ્રમાણે વિવિધ ધર્મના અનુયાયીઓ જે રાજ્યની સીમામાં અલ્પસંખ્યક તરીકે ચિહ્નિત કરવામાં આવ્યા હોય તેઓ રાજ્યમાં પોતાની પસંદની શૈક્ષણિક સંસ્થાઓની સ્થાપના અને સંચાલન કરી શકે છે.